Base64 adalah pengekodan, bukan penyulitan (encryption), dan ia menawarkan sifar keselamatan atau kerahsiaan. Sesiapa sahaja boleh menyahkod rentetan Base64 serta-merta kerana tiada kunci rahsia yang terlibat, dan pemetaan boleh balik didokumenkan secara terbuka dalam RFC 4648.
OWASP secara terang-terangan memberi amaran bahawa Base64 bukan pengganti kepada kriptografi dan tidak boleh digunakan untuk melindungi kata laluan, token, atau data peribadi. Satu-satunya tujuan adalah pengangkutan data binari yang selamat melalui saluran teks sahaja seperti e-mel, URL, dan JSON.
Untuk kerahsiaan sebenar, gunakan penyulitan bersetara seperti AES-256 seperti yang disyorkan oleh NIST, dan untuk integriti gunakan penghashan seperti SHA-256. Anggaplah sebarang rentetan Base64 dalam log anda sebagai teks biasa yang boleh dibaca sepenuhnya.